Der Säntis ist mit 2'501,9 m ü. M. der höchste Berg im Alpstein. Durch die exponierte, nördlich vorgelagerte Lage des Alpsteins ist der Berg eine von weither sichtbare Landmarke. So gibt es beispielsweise im Schwarzwald Häuser mit dem Namen Säntisblick. Vom Säntisgipfel aus kann man in sechs verschiedene Länder sehen: Schweiz, Deutschland, Österreich, Liechtenstein, Frankreich und Italien.
Der Säntis steht in den nordwestlichen Alpen im Alpstein, knapp 10 km süd-südwestlich von Appenzell. Auf dem Säntis treffen drei Kantone zusammen, Appenzell Ausserrhoden , Appenzell Innerrhoden und St. Gallen .
Die exponierte Lage des Säntis sorgt für extreme Wetterbedingungen. Die mittlere Temperatur beträgt −1,9 °C, der Niederschlag 2487 mm im Jahr. Die tiefste jemals gemessene Temperatur waren -32 °C im Januar 1905, die höchste 20,8 °C im Juli 1983. Die höchste Tagessumme der Niederschläge betrug 180 mm im Juni 1910.
Das Säntisgebirge gehört zu den helvetischen Decken. Begrenzt wird das Säntismassiv im Osten durch den Grabenbruch des St.