Der U-Bahnhof Merkenstraße ist eine Haltestelle der U-Bahn-Linie U2 im Hamburger Stadtteil Billstedt im Bezirk Hamburg-Mitte. Zwanzig Jahre, von 1970 bis 1990, war sie Endhaltestelle der Linie U3.
Der U-Bahnhof Merkenstraße wurde am 31. Mai 1970 als damaliger östlicher Endpunkt der bis hierhin verlängerten Linie U3 eröffnet. Diese Funktion war ihm eigentlich nicht für längere Zeit zugedacht, sondern sollte nur bis zur Weiterführung der damals geplanten U-Bahn-Strecke nach Glinde in Schleswig-Holstein bestehen.
Die Tunnelhaltestelle mit Mittelbahnsteig verfügt über Ausgänge zu beiden Seiten. Es ist die einzige Station der Billstedter Strecke, die unter einer Straße liegt.
Bis 1990 befand sich dort, wo heute die Streckengleise nach Mümmelmannsberg liegen, eine Kehrgleisanlage.
Im Jahre 1974 wurden in der Haltestelle Merkenstraße Szenen des Films "Die Akte Odessa" gedreht. Dieser Film spielt im Jahre 1963 - 7 Jahre bevor die Haltestelle eröffnet wurde.