Das Mühlenmuseum Lemkenhafen befindet sich in der alten Segelwindmühle „Jachen Flünk“ in Lemkenhafen auf der Insel Fehmarn im Landkreis Ostholstein in Schleswig-Holstein. Das unter Denkmalschutz stehende Bauwerk enthält seit 1961 ein Mühlen- und Landwirtschaftsmuseum.
Die Mühle „Jachen Flünk“ ist eine Holländerwindmühle, die der Kornhändler und Schiffsreeder Joachim Rahlff im Jahr 1787 erbauen ließ. Das auf Fehmarn angebaute Getreide wurde in der Mühle zu Grütze und Graupen vermahlen und dann gewinnbringend in die nordischen Länder exportiert.
In den Jahren 1964 bis 1965 wurden fünf der sechs Böden der Mühle und der anliegende Speicher zu einem Museum umgebaut. Hier können Besucher die historische Maschinerie der Mühle betrachten, sowie über ihre Geschichte erfahren und die Müller, die sie betrieben.