Der Bahnhof Bergen auf Rügen ist der einzige Bahnhof der Stadt Bergen auf Rügen. Dort zweigt die Bahnstrecke Bergen auf Rügen–Lauterbach Mole von der Bahnstrecke Stralsund–Sassnitz ab. Außerdem war der Bahnhof bis 1970 Ausgangspunkt einer Strecke der Rügenschen Kleinbahn nach Altenkirchen.
Am 1. Juli 1883 wurde der Bahnhof zusammen mit dem ersten Abschnitt der heutigen Bahnstrecke Stralsund–Sassnitz eröffnet. Zu den Anlagen zählten zunächst ein zweiständiger Lokschuppen mit Kohlenbansen, eine Ladestraße mit Kopf- und Seitenrampe, ein Güterschuppen sowie ein einfaches Empfangsgebäude mit Postamt.
Der Bahnhof verfügt über vier Bahnsteiggleise. Auf den drei durchgängig befahrbaren Gleisen 2, 3 und 4 halten die Regional- und Fernzüge der Strecke Stralsund–Sassnitz. Am Hausbahnsteig befindet sich neben Gleis 2 das Stumpfgleis 1, welches südlich des Empfangsgebäudes endet. Dort halten die Züge der Strecke nach Lauterbach.
Am Bahnhof Bergen auf Rügen halten stündlich Regional-Express-Züge und zweistündlich Regionalzüge der Eisenbahn-Bau- und Betriebsgesellschaft Pressnitztalbahn. Außerdem ist er Halt aller auf der Insel Rügen verkehrenden Fernverkehrszüge.